蕅益大师本姓钟，字素华，晚年才自号蕅益老人。他的祖籍是吴县（今江苏苏州市），父亲叫钟岐仲。钟岐仲向来信奉佛法，崇敬佛教，坚持修持《大悲咒》。这样，在整整十年之后，他的妻子金氏突然梦见观音大士抱着一个英俊爽迈的小男孩送给她，她便感梦而孕。等到十月怀胎之后，终于一朝分娩，生下的便是后来驰名遐迩的蕅益大师。

蕅益大师年仅七岁的时候，就从诵佛持咒的父亲接触佛法。长时间的耳濡目染，使他渐渐地养成了甘食蔬菜瓜果，而不嗜好腥膻荤血的习惯。他长大到十二岁的时候，跟随塾师开始研读儒家经典。时间久了，渐渐地以圣贤之学自任，摈弃了昔日学习的佛法。

为了表达自己坚定的从儒求经的决心，蕅益大师特地写了一部《辟佛论》，多达几十篇。除此而外，他竟然一改过去的习惯，开始喝酒、吃肉，完全将佛门戒律弃置一边了。

后来，蕅益大师在一次极偶然的机会，碰到了两本弘扬佛法、宣扬戒律的书籍。一本叫《莲池自知录》，另一本叫《竹窗随笔》。它们是明代高僧莲池的大作。这两本书一下子就吸引住了蕅益大师，并打动了他的灵魂，从而决定了他一生的人生追求和人生道路。于是，他把《辟佛论》付之一炬。

在他二十岁时，曾经试图诠释儒家经典《论语》。当他诠释到;天下归仁一句时，竟然彷徨失措，左右为难，不敢下笔。上述小事件再次在蕅益大师的内心激起重重涟漪，内心的思想斗争如翻波涌浪，以至废寝忘食，面壁思考。正好就在这一年，一直都修佛念咒的父亲魂归西天，蕅益大师开始诵念《地藏本愿经》，为自己的父亲早日超度、再生佛国，尽自己的一份孝心。渐渐地，他产生了出家事佛的想法。

此念一生，蕅益大师便坚持每天吃斋念佛，修炼身心，并将以前所著的各种文章，尽行焚毁，以示自己重新做人的决绝态度。

这样，蕅益大师在忧郁、彷徨三年时间之后，偶然听到一名法师讲说《楞严经》时说到;空生大觉的时候，心中顿生疑情，自问：;因何空能生此大觉，世界与虚空又从何而生？内心郁闷，竟无法修学。来到佛像座前，发愿说，自己愿意以身舍佛，皈依佛门。之后，他便在睡梦之中梦见自己不期而遇鼎鼎大名、如日中天的憨山大师。礼拜罢，蕅益大师流着眼泪，请教憨山大师：;我为什么这么法缘浅薄，和大师相见得这么晚？！

憨山大师说：;这是苦果。你应该参悟苦因。没等憨山大师的话说完，蕅益大师马上请求道：;弟子我立志追求佛法上乘，而不想只局限在四谛之中！大师，您给我指示光明大道吧！憨山大师却淡淡地说：;我很高兴你有这样的向上求佛的志向！说完，便不再多说些什么。蕅益大师苦苦哀求，终不能得到首肯——正在哀求之时，突然觉醒过来了。

醒转之后，蕅益大师回忆梦中情景，历历在目，情不能已，思念备切，就要寻找寺院，剃度出家。但是，此时，憨山大师却远在广东曹溪（在今广东曲江县东南）宝林寺，蕅益大师便师从憨山大师的高徒雪岭禅师剃度，终于了却心愿，成为一名僧侣。

明熹宗天启二年（公元1622年），蕅益大师来到云栖寺，听古德法师讲说《唯识论》，却又怀疑它与《楞严经》的宗旨不相吻合，就请教古德法师说：;性、相二宗，内容不能统一，我内心里感到很奇怪。难道说佛法还有两种吗？古德法师一听，无言以对。蕅益大师便昂首挺胸，步出山门，径直来到径山，专心坐禅。这样坚持了一年时间下来，便觉得自己佛法日渐进益，形体虚空，以至于身心世界，一齐消殒，而有关性、相二宗（空宗与相宗）的疑惑，也都大彻大悟。

到天启四年（公元1624年），蕅益大师受比丘菩萨戒，更加精勤努力，参悟佛法，诵读律藏。不多久，他的母亲病重的消息传来，蕅益大师就师从古人，效法先贤，割下自己臂膀上的血肉，掺和在药草之中，用来给他的慈母治病，希望能够凭借自己割股疗亲的孝情，挽救慈母的生命。但是，无奈慈母西归之限已经到来，所以，蕅益大师虽孝情感天，悲泣鬼神，却到底没有能够挽留住他母亲的生命。

蕅益大师埋葬了慈母，就在吴江（今江苏吴江）闭关禅定，立志彻悟。但就在这时，蕅益大师竟然生病了，而且病得不轻。他却丝毫也没有动摇自己参禅求佛的心思，一心一意地为自己往生净土而修研。等到他的病体稍微好转了一些之后，他便构筑法坛，修持《往生净土咒》，坚持了七天七夜。然后，他说了一首长长的偈颂：

稽首无量寿，拔业障根本，

观世音势至，海众菩萨僧。

我迷本智光，妄堕轮回苦，

旷劫不暂停，无救无归趣。

劣得此人身，仍遭劫浊乱，

虽获预僧伦，未入法流水。

目击法轮坏，欲挽力未能，

良由无始世，不植胜善根。

今以决定心，求生极乐土，

乘我本愿船，广度沉沦众。

我若不往生，不能满所愿，

是故于娑婆，毕定应舍离。

犹如被溺人，先求疾到岸，

乃以方便力，悉振暴流人。

我以至诚心，深心回向心，

燃臂香三柱，结一七净坛。

专持往生咒，唯余食睡时，

以此功德力，求决生安养。

我若退初心，不向西方者，

宁即堕泥黎，令疾生改悔。

誓不恋人天，及以无为处，

折伏使不退，摄受令增长。

蕅益大师在这前后的两年时间里，足不出户，一心修习。等到证通参透之后，便向南游方，横渡苍茫大海，来到洛迦山（即普陀山，在浙江舟山市普陀区）上，顶礼膜拜这座佛教四大名山之一的佛光宝华之地。回来之后，他便开始住持龙居寺。

在这里，蕅益大师对佛法律学的坠废颇为感慨，就立志要弘扬律法，并以此自任。为了实践自己这一宏大志愿，蕅益大师便著述了一部《毗尼集要》，紧接着，他又打算注释《梵网》。在动笔之先，他点燃檀香，跪奉佛祖，请求佛祖明示自己究竟以修持佛教中的哪一门派为好。祷告完毕，他拈到的正是天台宗的木签。于是，他便集中心力，全心全意地参证天台教义。

不久，蕅益大师又来到九华山（在安徽青阳县）这座佛法胜地，居止在华严庵，著作《梵网合注》，终于全部完成。

蕅益大师律义十分精严，但他自认为躬行不够，不足以为人表率，一直不敢妄为人师。他曾经亲自在佛祖神像前祈祷、卜告，叩问自己从和尚往下，菩萨沙弥、优婆塞（男居士）等种种身份与地位，自己应该居处于哪一等次。神明指示，他居处于菩萨沙弥之位。这样，蕅益大师便谨遵神命，终身不曾为任何人受戒。

之后，蕅益大师历经温陵（今福建晋江县）、漳州（今福建漳州市）、石城（今江西石城县）、长水（在今河南洛宁县）、新安（今河南新安县）等地，最终来到灵峰寺（在今浙江安吉县）居止。

当时，修习禅宗的人大多认为净土宗是教中权要，人们遇到念佛求法的信徒，多请求他们参究其中教义。可是，蕅益大师却独持一见，认为持名一法，就是圆顿心宗，大异众人之心。

这时，有个叫卓左车的人，他曾经设置了四个问题，来诘难蕅益大师，但是大出他意料之外的是，蕅益大师口若悬河，滔滔不绝，将这四个看似困难，实则互相关联的问题，一清二楚地一一答对出来，令卓左车大为叹服，人们更是钦敬不已。

卓左车的四个问题是：

什么是念佛求法门中向上一招的修习道路？

怎样才能够做到;离四句而绝百非？

什么是念佛求法的人终极准则？

什么是混淆是非的人脑后一槌？

蕅益大师的回答是：;向上修研的佛法，既非禅宗修行法门，也不是净土宗的修行法门；但它却又既是禅宗的修行法门，也是净土宗的修行法门。一个人刚说及参究之事，便已是偏离正道。果真是一位大丈夫的话，就应该真切地想念佛法上乘。把自己的一颗真心看作佛，而且，你这颗真心便正是佛！如果你有一丝念头和佛相隔，不能通融贯达，便不足称为真修行。我们诵念佛法三昧，如果始终与佛毫无间隙，又何须询问这些问题呢？

所谓往生净土，便正是学佛之人的终极法则。在我们内心，要做到没有念外之佛，也没有佛外之念。能够自始至终念佛，便能早在下手之时，就不至于落入四句、百非的邪魔之中去。

我们努力修行，以致通身上下，无不毕露眼前，只要能够看见阿弥陀佛一只毛孔的光亮，便能够洞见十方无量诸佛；只要能够往生西方极乐世界的一方净土，便能够再生十方佛国。这也是向上求佛的一条道路。

如果已经拜求得弥陀佛现于眼前，就不要再说什么自性弥陀；既然已经舍弃西方净土，就不要再说唯心净土。这便是混淆错讹的一大公案。

佛经上说：;三贤十至住果报，唯佛一人居净土。这便是学法之人的脑后一槌。只要我们深切地相信这些，依信起愿，依愿起行，那么，我们心目中的无量如来，便会念念流注出来，即使坐在十方微尘国土之内，也会转大法轮，照耀千古，震惊大千世界。所有这些，只要我们发诸心源，哪里还需要向外索求呢？！

蕅益大师金口泻珠，不绝如缕，直听得人们如痴如醉，钦服不已。

到了清王朝世祖皇帝顺治十年（公元1653年）的冬天，一代高僧蕅益大师显露出小疾病来。于是，他便预先向弟子们叮嘱后事，说：;在我圆化之后，就把我焚化掉，然后将那些骨灰碎屑，施撒到流水之中就算了。

到第二年的正月二十一日 ，蕅益大师终于西归佛国净土。他的灵龛在寺中停留两年之后，门人弟子准备遵照他的遗嘱焚化。但是，当人们打开灵龛时，却惊异地发现，尽管七百多个日日夜夜悄然逝去，蕅益大师的面容却丝毫不见腐烂，一如当年他活着时的模样；尤其令人惊叹不已的是，大师的头发，却一如既往地生长着！两年未曾剃削，竟然长可覆耳！岂不是咄咄奇事？！焚化之后，大师的牙齿也不曾有丝毫毁坏。

种种神异，瑞应昭人，使得门人弟子们怎么也不忍心遵从大师的遗言将他的骨灰抛洒到河水之中去了。大家就一齐将蕅益大师的灵灰收拢起来，塔葬于灵峰寺内。

蕅益大师世寿五十七岁，僧腊三十四年。

大师生平著述十分丰富，竟然多达四十余部。其中包括《楞严经玄义》、《法华文句》、《法华玄义》、《楞伽经义疏》、《唯识心要》等等，不一而足。而在所有这些著述中，又尤以《弥陀要解》和《提持净土》最为简洁、切要。至于《净信堂集》，更是风行当时。

蕅益大师就在圆寂前夕，还曾经书写了一首偈子，用来赠别众人：

生平过失深重，犹幸颇知内讼，

浑身瑕玷如芒，犹幸不敢覆藏。

藉此惭愧种子，方堪寄想乐邦，

以兹真言苦语，兼欲告诫诸方。

不必学他口中，澜翻五宗八教，

且先学他一点，朴朴实实心肠。